Tal y como decretaran los Reyes Católicos, la mezquita mayor de Guadix, se puso bajo la advocación de la Encarnación. Guadix se entregó mediante capitulación, lo que permitía la permanencia de la población morisca hispana, el 30 de diciembre de 1489, y la conservación de las edificaciones y propiedades. Este hecho permitió la prosperidad de la ciudad.

  La capilla más preeminente, y de las reliquias, está dedicada a San Torcuato, evangelizador de la zona en el siglo I, considerado como el primer obispo de Guadix, y que fue martirizado en el año 66 dC. La ciudad y diócesis, cuenta con otro obispo mártir, Manuel Medina Olmos, asesinado en 1936 y arrojado al barranco del Chisme, junto con el obispo de Almería, Diego Ventaja Milán, junto a Vícar (Almería).

La catedral de la Encarnación se empezara a construir y reedificar a partir de 1520, con sucesivas ampliaciones y mezcla de estilos, en la que prevalece el Gótico tardío y el Barroco. Los juegos de luces interiores son asombrosos, en una edificio inmenso, que sobresale sobre su entorno, pese a estar construida sobre el valle, y cuya torre es visible desde gran distancia. El color de la torre y campanario, es rojizo, como el de la tierra de las vegas del río Guadix.

Las rebeliones de los moriscos hispanos y la conocida como la Rebelión de las Alpujarras, a finales del siglo XVI, culminarán con la expulsión definitiva de esta población, y con la ruina de todo el valle. La catedral sólo podrá ser acabada a partir del año 1700. Sin embargo, la región ya no volverá a ser la misma, porque los repobladores no se identigicaban con la zona. El tamaño del edificio catedralicio, parecía desproporcionado con la desolación de su entorno, y con la pequeña población que lo sustenta, pero fue concebido en otros tiempos. Aun así, su visión resulta majestuosa desde el exterior, pero el interior sobrecoge. Es muy esbelta y encierra y contiene un espacio diáfano e inmenso. Múltiples capillas, un gran número de detalles arquitectónicos, en el que cada época dejó aquí una muestra de su mejor arte. La cúpula es muy elevada y esbelta, dejando entrar la luz por sus ocho ventanas. Cuenta también con una réplica de La Piedad de Miguel Ángel, en una de sus capillas.