El 8 de diciembre de 1938 se erigió como tal, la parroquia de San Agustín, con feligresía y territorio propio, bajo la dirección de los Padres Paúles, llegados a la ciudad en marzo de ese mismo año, en su primera misión evangélica a la ciudad.

Sin embargo, su historia empieza antes, concretamente el 15 de marzo de 1913, cuando se bendijo la 1ª capilla de San Agustín en el Barrio del Real, en la calle de La Estación, siendo Vicario Eclesiástico don Miguel
Acosta. La imagen de San Agustín, con la que se inauguró la capilla, fue donada por Agustín Espinosa. Su primer párroco fue don Eugenio Sánchez Sepúlveda. Hasta la llegada de los padres Paúles en la fecha referida, la capilla de San Agustín estuvo 25 años bajo administración diocesana. La Diócesis de Málaga volvió a implantar su autoridad en san Agustín en 2011, tras 72 años de administración de los padres paúles. Esta primera capilla tenía una capacidad para 100 feligreses. Posteriormente, el obispado de Málaga compró una antigua nave en desuso del Cuerpo de Intendencia, situado a sus espaldas, y lo transformó en iglesia, tras su erección canónica como parroquia, en 1938, con el decreto de reordenamiento eclesiástico de la ciudad, realizado por el obispo Balbino Santos Olvera.

La capilla de Juan el Bautista surge en julio de 2012, un año después que El Alminar, y todo este tiempo también hemos sido testigos de muchos hechos en San Agustín del Real, la parroquia con mayor territorio a su cargo, y con mayor número de feligreses, pues también incluía las islas y peñones. Aquí surgió el culto, mito y leyenda del Cristo de Limpias, abatido de modo inmisericorde por el sacerdote ex paúl, Jesús Hurtado, en 1989. La retirada del busto, se hizo coincidir con unas importantes reformas en la única nave de la iglesia, con ocasión del cincuentenario de su creación.

Hay varias cosas que diferenciaron a esta parroquia, como la de ser la que aportaba el mayor número de pasos procesionales a la semana santa melillense. También era una de las que contaba con mayor número de exornos e imágenes, gracias a las aportaciones de numerosa feligresía, conformada en su mayor parte por obreros, artesanos y pescadores. Sin embargo, será el culto al Cristo de Limpias, lo que la convertirá en una parroquia rica, en todos los sentidos, porque esta imagen, dejó grandes cantidades de dinero en limosnas, y también fueron muchas las personas que hicieron donación de propiedades a la parroquia de San Agustín. La mayor parte de ese patrimonio fue reinvertido para la restauración del templo, en la referida reforma de 1989. Somos conscientes de que la Santa Madre Iglesia no gusta de que nadie escrute en sus archivos, pero dejamos anotado el dato.

En 2015, con la asistencia y bendición del obispo de Málaga monseñor Catalá Ibáñez, se reinstauró el culto al celebérrimo Cristo, que estuvo desaparecido durante otros 25 años. Sin embargo, en todo ese tiempo, no consiguieron extinguir su memoria y eco. Las últimas reformas que se han llevado a cabo son las de la cubierta, cuya estructura ha sido renovada por completo, la reordenación de la nave de culto, incluyendo el retorno de las imágenes; y la de la espadaña y frontis, que también han sido renovadas íntegramente.